Prefetch 调用 aspera
http://ngs-data-for-pathogen-analysis.readthedocs.io/zh_CN/latest/chapter_01/01_get_data.html Web如果你安装并设置了 Aspera Connect，那么 prefetch 会优先使用 ascp 方式来下载，如果没有安装或则 ascp 下载失败，则切换成 HTTP 方式下载 sra 数据。 另外 fastq-dump 命令也能从远端直接下载数据，加上 -X 1 参数，会预先下载最前的5个 reads，加上 -Z 参数，则会将这些 reads 打印到终端输出。
Prefetch 调用 aspera
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WebAug 11, 2024 · 在美帝的服务器的prefetch和aspera下载比较. 如果你的 服务器 在中国大陆，基本上就放弃prefetch啦，直接aspera即可。. 但是如果是在海外，就可以尝试比 … Web知乎，中文互联网高质量的问答社区和创作者聚集的原创内容平台，于 2011 年 1 月正式上线，以「让人们更好的分享知识、经验和见解，找到自己的解答」为品牌使命。知乎凭借认真、专业、友善的社区氛围、独特的产品机制以及结构化和易获得的优质内容，聚集了中文互联网科技、商业、影视 ...
WebJan 12, 2024 · 很多事情不一定有答案（但是可以有交流渠道） 不过，最近几年我的教程都是conda和aspera高速下载啦，但即使是这样，仍然是很多人反馈下载失败，有一些是Linux命令不熟悉，自己把代码写错，有一些是数据... WebOct 23, 2024 · 这个时候prefetch可以使用aspera进行下载的。但是SRA的数据库目录结构会变化。数据放置一段时间后，就会转移到一些SOS目录中，这个时候在使用prefetch就会 …
WebMar 26, 2024 · Bootloader 简介. 1. Bootloader 简介. Bootloader 作用 : 启动系统时将 Kernel 带入到内存中, 之后 Bootloader 就没有用处了; 2. 使用 Source Insight 阅读 uboot 源码. -- 创建工程 : "菜单栏" --> "Project" --> New Project 弹出下面的对话框, 在对话框中输入代码的保存路径 和 工程名; -- 弹出 ... WebSep 1, 2024 · prefetch会自动调用aspera的ascp。 下载的速度还是很快的，一个文件一分钟左右： 虽然prefetch会自动调用ascp，但由于网速等原因，有时也会出现timeout，特别 …
Web本节简单介绍Aspera安装和使用，并给出利用SRR号批量下载FASTQ或SRA数据的方法，通过比较发现aspera的下载速度与prefetch相比有了质的飞跃. 前言： 我们下载测序数据一般 …
WebJun 24, 2024 · 2024-06-24 prefetch 调用 aspera 下载SRA数据踩坑. 最近课题需要，要下载几个SRA数据，没想到小小的更新了一下软件，浪费了我大半天时间除bug。因为距离我上 … tax paper 2022Web这里面有很多数据，选择其中一个作为演示。直接使用prefetch进行下载。如果系统中安装了Asprea，prefetch会调用aspera进行下载，还是很方便的。如果不在默认路径下，可以通 … tax paper 6419WebNov 5, 2024 · 这个时候prefetch可以使用aspera进行下载的。但是SRA的数据库目录结构会变化。数据放置一段时间后，就会转移到一些SOS目录中，这个时候在使用prefetch就会发现调用不了aspera了。这个时候就比较麻烦，必须找到数据真实目录，然后单独使用aspera进行 … tax paradiseWebMay 17, 2024 · 我们下载测序数据一般使用sra-tools的prefetch功能，通过SRR号从NCBI的SRA数据库下载SRA文件，这个方法下载速度有所限制且需要将SRA再转化为FASTQ文件，这过程中又会消耗不少时间和算力。一种替代方法是使用Aspera软件，从EBI（European Bioinformatics Institute）的ENA(European Nucleotide Archive)数据库直接下载FASTQ格 … tax paper 8862Web三 prefetch直接调用ascp，没有安装ascp之前直接用http-f –force Force object download. One of: no, yes, all. no [default]: Skip download if the object if found and complete; yes: Download it even if it is found and is complete; all: Ignore lock files (stale locks or if it is currently being downloaded: use at your own risk!). tax paper 1040WebAug 31, 2024 · 数据下载源介绍（-m参数） ena-ascp,调用Aspera从ENA中下载.fastq.gz数据 ena-ftp，调用curl从ENA中下载.fastq.gz数据 prefetch，调用prefetch从NCBI SRA数据库中下载SRA数据，然后默认使用fasterq-dump对其进行拆分转换 aws-http，调用aria2c从AWS Open Data Program中下载SRA数据，然后默认使用fasterq-dump对其进行拆分转换 也就是 … tax paper 6475WebSep 15, 2024 · ascp -A # Aspera Connect version 3.9.6.173386 # ascp version 3.9.1.168302 prefetch -V # prefetch : 2.10.0 ( 2.10.0-1 ) 我猜想是不是由于软件版本不对. 尝试. 我一直使 … taxpark